Okres panowania pruskiego
Rozbiory (1772–1793) przyniosły kres polskiemu panowaniu na Żuławach, włączając je do państwa pruskiego, do prowincji Prusy Zachodnie, pod władanie Zarządu Wojen i Domen w Kwidzynie. Przyłączone ziemie bardzo szybko zostały zorganizowane na wzór prowincji pruskich co znalazło swoje odbicie we wprowadzonym systemie prawnym i podatkowym. Na sytuację chłopów żuławskich nie miało to większego wpływu, lecz w znacznie gorszej sytuacji znaleźli się mennonici. Głoszony przez nich skrajny pacyfizm, przy jednoczesnym zakazie składania jakichkolwiek przysiąg, doprowadził do konfliktu z nowym państwem o militarystycznym charakterze.
O ile Fryderyk II gotów był jeszcze tolerować odmienność religijną niektórych Żuławiaków, o tyle panowanie Fryderyka Wilhelma II okazało się tragicznym dla przyszłości tej grupy wyznaniowej. Ograniczani w swych prawach, nie mogąc liczyć na tolerancję ze strony nowej administracji zdecydowali się na opuszczenie delty Wisły. W latach 1787–1809 większość z nich, nęcona obietnicami carycy Katarzyny II, zdecydowała się na emigrację i osiedlenie się na czarnomorskich stepach Rosji. Okres pruski to kolejny etap w rozwoju gospodarczym Żuław Wiślanych i Mierzei.
Zamożność i gospodarność tutejszej ludności szczególnie przebija we wspomnieniach Karola Glogera, jednego z oficerów polskich internowanych na Żuławach po upadku powstania listopadowego, który porównywał domy podcieniowe do szlacheckich dworów.
Natomiast polski podróżnik Wyszkowski napisał:
[...] Wracamy na Żuławy do włości miasta należące. Co za okolica wesoła! Co za dolina rozkoszna! która ciągnie się nad brzegami Wisły. Są to wolne osady, słynące porządkiem, gospodarstwem i bogactwem. Mieliśmy rozkosz widzieć wewnętrzny porządek u jednego z osadników. Dziwić się trzeba ochędóstwem i kształtem obszernego zabudowania, które liczną familię, sług i dobytek mieści wygodnie. Porcelana i szkła angielskie w izbie zbliżały się nawet do zbytku (...)
W roku 1828 przybyli na Mierzeję z pobliskiego Elbląga pierwsi letnicy. Niebawem na rozparcelowanym gruncie, we wsi Kahlberg, która po wielu latach stała się współczesną Krynicą Morską, stanęły letnie domki i wille. Uruchomiono rejsy stateczków pasażerskich z Elbląga i Królewca poprzez Zalew Wiślany. Zabiegającyo rozwój kąpieliska elblążanie mieli ambicję uczynienia z Kahlberga kurortu na poziomie europejskim, przewyższającego rangą niedaleki Sopot. Kolejny znaczący etap rozwoju funkcji wypoczynkowej Mierzei nastąpił na początku XX wieku.
O zaawansowaniu gospodarczym Żuław najlepiej świadczą zmiany zachodzące w strukturze ekonomicznej XIX-wiecznej delty. Prześledzić je można na przykładzie Nowego Dworu Gdańskiego (Tiegenhof). Niewielka jeszcze w XVII wieku osada szybko wyrasta na ważny ośrodek o znaczeniu ponadlokalnym. Źródła informują nas, że u schyłku XIX stulecia działają tu zakłady przerabiające len i tytoń, garbarnia wykorzystująca napęd parowy, browar, wytwórnia wódek gatunkowych, zakład produkujący świece i mydło, cukrownia, a także fabryka maszyn rolniczych. Bardzo dobry stan dróg bitych, unowocześnienie systemu komunikacyjnego poprzez usprawnienie żeglugi po żuławskich rzekach i kanałach oraz budowa kolei umocniły pozycję miasta.
Na początku XX wieku, kiedy wiele regionów ówczesnej Europy wchodziło dopiero na drogę nowoczesności, mieszkańcy Nowego Dworu Gdańskiego znali już dobrodziejstwa płynące z włączenia domostw do sieci wodociągowo-kanalizacyjnej oraz możliwości stwarzanych przez energię elektryczną. Duże znaczenie dla Żuław Wiślanych miała podjęta przez władze pruskie decyzja o regulacji dolnego odcinka Wisły. Dzięki przekopaniu nowego ujścia do morza w okolicach Świbna zmalało zagrożenie powodziowe oraz poprawiły się możliwości żeglugowe.
Okres międzywojenny
Wiek XX zaznaczył się w dziejach Żuław Wiślanych i Mierzei jako okres wyjątkowo istotnych zmian politycznych i administracyjnych. Konsekwencją klęski Niemiec w I wojnie światowej (1914–1918) był nowy podział terytorialny delty Wisły.
Mocą postanowień zwycięskich mocarstw (Anglii, Francji, Stanów Zjednoczonych, Włoch) oraz innych krajów biorących udział w konferencji pokojowej w Wersalu, stworzone zostało Wolne Miasto Gdańsk. W jego skład wchodziły m.in. Żuławy Steblewskie oraz Żuławy Wielkie. Na Mierzei Wiślanej granica przebiegała w okolicach Przebrna, gdzie do dzisiaj zachowały się oryginalne słupy graniczne (!). Obszar leżący na wschód od rzeki Nogat pozostał pod administracją niemiecką.
Wolne Miasto Gdańsk było organizmem zależnym od nowo powstałej organizacji międzynarodowej, jaką była Liga Narodów oraz od Polski, do której obszaru celnego zostało włączone. Rzeczpospolita miała też reprezentować Gdańsk wraz z należącym do niego obszarem, na arenie międzynarodowej i opiekować się jego obywatelami poza granicami. Nowy ład wprowadzony po pierwszej wojnie światowej nie wytrzymał jednak próby czasu. Nierozwiązane konflikty o podłożu narodowym i politycznym wróżyły nadejście nowych czasów. Idee głoszone przez rozwijający się w Niemczech ruch faszystowski szybko dotarły nad ujście Wisły zdobywając sobie licznych zwolenników wśród mieszkańców Żuław i Mierzei.
Druga Wojna Światowa
Już 2 września, na obrzeżu Żuław, w miejscowości Sztutowo (Stutthof) na Mierzei Wiślanej, utworzono obóz koncentracyjny. Do końca wojny zginęło w nim ok. 70 tys. osób, głównie Polaków, Rosjan, Cyganów, Żydów, ale także Niemców, którzy nie podporządkowali się rygorom III Rzeszy. Więźniów obozu często zatrudniano na Żuławach i Mierzei, wykorzystując ich jako tanią siłę roboczą. Można ich było spotkać przy pracach polowych, melioracyjnych oraz jako robotników w lokalnym przemyśle.
Do 1945 roku nie prowadzono na Żuławach praktycznie żadnych działań wojennych. Dopiero wycofywanie się wojsk niemieckich pod naporem Armii Czerwonej spowodowało ogromne zniszczenia na Żuławach. Niemcy przerwali wały przeciwpowodziowe i w efekcie woda zalała większą część Żuław, w tym ok. 45 tys. ha obszarów depresyjnych. 1600 gospodarstw znalazło się pod wodą, 2744 zagród chłopskich uległo zniszczeniu zaś kolejnych 1297 strawił ogień.
Miejscem, gdzie działania wojenne trwały jeszcze w pierwszej dekadzie maja 1945 roku, była Mierzeja Wiślana. Znajdowało się tu duże zgromadzenie wojsk niemieckich i ludności cywilnej ewakuowanej zimą w dramatycznych okolicznościach przez Zalew Wiślany z Królewca i Braniewa do Gdańska.