Panowanie krzyżackie
Czasy panowania krzyżackiego były, zarówno dla przyszłości Żuław jak i Mierzei, okresem zasadniczym. Zakon Szpitala Najświętszej Marii Panny Domu Niemieckiego w Jerozolimie powstał na przełomie lat 1189–1190 w Palestynie. Na teren polskiej Ziemi Chełmińskiej oraz Prus został ściągnięty przez księcia Konrada I Mazowieckiego zarówno dla ochrony tutejszych granic, jak i opanowania terenów pruskich. Szybki wzrost terytorialny państwa zakonnego, uwieńczony zdobyciem Pomorza Gdańskiego w latach 1308–1309, zadecydował o przeniesieniu siedziby Wielkiego Mistrza z Wenecji do leżącego tuż przy granicy Żuław Malborka.
Żuławy scalone w jeden organizm polityczny stały się przedmiotem aktywnej działalności osadniczej połączonej z zagospodarowywaniem dotychczas niedostępnych terenów delty. Duży udział w tych pracach, szczególnie w osuszaniu nieużytków i tworzeniu polderów, mieli napływający osadnicy północnoniemieccy i niderlandzcy. Powstające wówczas wsie, o wielkości ok. 40-60 łanów (1 łan to około 16,8 ha) i ściśle określonych granicach, lokowane były na tzw. prawie chełmińskim. Gwarantowało ono chłopom posiadanie swego nadziału oraz prawo jego dziedziczenia, w tym również w linii żeńskiej. Nie bez znaczenia pozostaje również fakt rozpowszechnienia się zasady regulowania zobowiązań pomiędzy właścicielem ziemi a chłopem w formie renty pieniężnej, pozwalający osadnikom na bardziej efektywne zarządzanie swoim gospodarstwem.
Żuławska, ciężka i trudna do uprawy, ziemia oraz wyjątkowe warunki hydrograficzne wymusiły konieczność rozbudowy systemu melioracyjnego umożliwiającego zdobywanie nowych terenów pod uprawę i rozwój hodowli. Dokumentem porządkującym działania w tym zakresie stał się wydany w 1407 roku „Die gemeine Landtafel”. Wprowadzał on na Żuławach samorząd przeciwpowodziowy, którego zadaniem była troska o należyty stan urządzeń melioracyjnych. Od tej pory takie funkcje jak: zarządca wałów, przysiężni wałowi czy przysiężni kanałów wpisały się na trwałe w żuławską wspólnotę wiejską, istniejąc do czasów najnowszych. Ciągle realne zagrożenie powodziami kładło na każdego mieszkańca delty Wisły powinności ochrony przed skutkami niszczących działań wody.
Zakon eksploatował gospodarczo także obfitą w ryby (szczególnie jesiotry), zwierzynę i drewno Mierzeję. Wzdłuż Mierzei od niepamiętnych czasów biegła od Gdańska ku Sambii droga handlowa będąca odgałęzieniem znanego szlaku bursztynowego. Skłoniło to Krzyżaków do lokacji na tym terenie szeregu karczem obsługujących szlak pocztowy, które z czasem stały się zalążkiem rybackich osad. Z okresu średniowiecza na Żuławach zachowało się około 30 ceglanych gotyckich kościołów. Ich wyniosłe wieże ożywiają tutejszy krajobraz, są niemymi świadkami odległej przeszłości i dowodem architektonicznego kunsztu budowniczych.