Pod polskim panowaniem
Panowania krzyżackie na Żuławach trwało do roku 1466. Wtedy podpisany został drugi pokój toruński (19 X 1466) kończący trzynastoletnie zmagania wojsk polskich z siłami zakonnymi, decydujący jednocześnie o włączeniu obszaru ujścia Wisły do państwa polskiego. Jak się okazało, na następne trzysta lat. Wraz ze zmianami politycznymi zaszły w delcie Wisły głębokie przemiany administracyjne i gospodarcze. W wyniku nadań króla Kazimierza Jagiellończyka W wyniku nadań króla Kazimierza Jagiellończyka Żuławy Steblewskie oraz Szkarpawa wraz z Mierzeją aż do wsi Lipa (obecnie część Krynicy Morskiej) stały się posiadłościami miasta Gdańska. Wschodnia część Żuław Wielkich oraz część ziem na wschód od Nogatu znalazły się (już od 1457 r.) pod władzą Elbląga. Pozostała część Żuław Wielkich stanowiła dobra królewskie.
Swobodny teraz szlak wiślany, dający nieskrępowany dostęp do wybrzeża Morza Bałtyckiego, znacznie przyczynił się do wzrostu dynamiki handlu pomiędzy głębią kraju a portami. W żuławskiej części biegu Wisły pojawiły się statki rzeczne przewożące płody rolne z rozległego terytorium Rzeczypospolitej do Gdańska i Elbląga.
Szerokie kontakty gospodarcze mieszkańców tych ośrodków zadecydowały o szybkim dotarciu z Europy Zachodniej idei głoszonych przez reformatorów religijnych,głównie przez Lutra. Dość powiedzieć, że w połowie XVI wieku Gdańsk i Elbląg były już praktycznie całkowicie protestanckie, co znalazło swoje potwierdzenie w przywileju religijnym króla Zygmunta Augusta z 1557 roku. Katolicyzm zachował swe prawa jedynie na obszarze Żuław Malborskich, ciesząc się mianem religii państwowej, choć i tutaj luteranie byli większością.
Wiek XVI to także czas nowego osadnictwa w delcie Wisły. Stało się to za sprawą licznie przybywających tu emigrantów holenderskich i północnoniemieckich, należących głównie do wyznawców idei Menno Simonsa (1492–1561), od niego też przyjmujących nazwę mennonitów. Prześladowani w swej niderlandzkiej ojczyźnie, przeżywającej na dodatek poważny regres gospodarczy spowodowany wojnami religijnymi, znaleźli w Polsce tak oczekiwaną tolerancję i swobodę działalności ekonomicznej.
Mennonici, będąc w większości pochodzenia chłopskiego, przenieśli na tutejszy grunt wysokie umiejętności związane z uprawą roli, wykazując kunszt w tworzeniu systemów melioracyjnych. Ze społeczności żuławskiej wyróżniali się głównie sposobem życia. Surowe obyczaje, mające swe źródło w dosłownym przyjęciu treści nakazów Nowego Testamentu, brak jakiejkolwiek aktywności społecznopolitycznej przy jednoczesnym podkreśleniu silnych więzi wewnątrzgrupowych, pozwoliły im stworzyć zamknięty świat odporny na zmiany cywilizacyjne, w ich zamyśle najbardziej zbliżony do zasad pierwotnego chrześcijaństwa.
Okres koniunktury gospodarczej, trwający od lat dwudziestych XVI wieku, doskonale wykorzystali miejscowi chłopi. Wolni osobiście, będący tylko w niewielkim zakresie obciążani powinnościami feudalnymi (i to głównie zamienionymi na czynsz), stali się ważnymi producentami żywności, w którą zaopatrywali najbliższe miasta, w tym przede wszystkim Gdańsk i Elbląg. Na czoło każdej wspólnoty wiejskiej wysuwali się sołtysi oraz tzw. sąsiedzi figurujący w źródłach jako Nachbaren. Wielkość posiadanych przez nich gospodarstw wahała się najczęściej od 2 do 4 łanów co w przeliczeniu na hektary dawało 33,6 do 67,2 ha, choć znaleźć można 8 łanowe (134,4 ha) a nawet 11 łanowe (184,8 ha). Każde z nich, zgodnie z obowiązującym prawem, biorącym pod uwagę specyfikę tutejszej, tak trudnej do uprawy roli, powinno utrzymywać w przeliczeniu na jedną włókę po 6 koni, 4 krowy, 6 owiec i świń.
Oznaką zamożności żuławskich gospodarzy były ich zabudowania, a w szczególności słynne podcieniowe domy mieszkalne. Poprzez piękne drzwi, znajdujące się pod podcieniem zwróconym w stronę ulicy, wchodziło się do obszernej sieni. Zarówno z sieni jak i z galerii znajdującej się na piętrze można było dostać się do wszystkich pomieszczeń budynku. Chlubą mieszkańców domostwa były schody z ozdobną balustradą prowadzące na piętro. Zdaje się, że powszechnym wyposażeniem wnętrz były do dziś budzące zachwyt meble, dekoracyjne kafelki ścienne, polichromie czy bogato zdobione piece. Wincenty Pol wymienia wśród sprzętów znajdujących się w domu (...) tu już kosztowne posadzki, i obicia, i najwytworniejsze meble, tu już rzeźbione starożytne szafy, zbiory porcelany i naczyń srebrnych, okazałe zwierciadła, kosztowne zegary, drzwi z palisandru i mahonie, firanki i pokrycia mebli z ciężkich, jedwabnych materii, na posadzkach kosztowne angielskie dywany, po ścianach obrazy i złocone brązy! (...). Na przestrzeni kilku stuleci zmieniał się kształt typowego domu żuławskiego oraz sposób ulokowania zabudowań gospodarczych.
W innej sytuacji znajdowały się gospodarstwa zagrodnicze, których właściciele użytkowali działki o powierzchni kilku arów. Tak niewielka powierzchnia użytkowa pozwalała jedynie na skromną produkcję rolniczą i hodowlę. Społeczność żuławską uzupełniały grupy ludności bezrolnej, tak zwanych komorników, oraz robotników sezonowych – żniwiarzy, służby dworskiej oraz parobków.
Urodzajność tutejszych gleb, a w związku z tym wysokie zyski, jakie dawało prowadzenie gospodarstwa czy dzierżawa majątków, stały się zachętą dla zamożniejszych panów pruskich, mieszczan i bankierów do lokowania posiadanych kapitałów na terenie Żuław Wiślanych. Interesy tutaj prowadzone były tak intratne, że prawie nie zważano na przedziały stanowe, pozycję społeczną czywyznawaną religię.
Wśród posiadaczy i dzierżawców ziemi spotkać można przedstawicieli takich rodów, jak Ferberowie, Loitzowie (bankierzy króla Zygmunta Augusta), Wejherowie, Jacobsonowie, Sobiescy.
Lata dwudzieste XVII wieku przyniosły w dziejach Żuław Wiślanych poważne zmiany polityczne. Stało się to za sprawą wojen polsko-szwedzkich, trwających z krótką przerwą aż do połowy wieku (1626–1635 oraz 1655–1660). Armie obu państw, walczące o prymat na południowym wybrzeżu Bałtyku, z chęcią wykorzystywały w swych planach militarnych ujście Wisły. Kwaterunki wojsk, kontrybucje czy w końcu przerwanie wałów przeciwpowodziowych (w konsekwencji czego zalaniu uległy duże połacie ziemi uprawnej), spowodowało okresowe wahania w sytuacji gospodarczej u ujścia Wisły.
Nie inaczej działo się w wieku XVIII. Okres wojny północnej, która dotarła na Żuławy w 1703 roku, przyniósł poważne straty spowodowane obecnością wojsk szwedzkich, saskich, rosyjskich i polskich. Choć działania wojenne zakończyły się tutaj w 1717 roku, to nie było dane mieszkańcom delty cieszyć się zbyt długim pokojem. W latach 1756–1763 (tzw. wojna siedmioletnia) przemarsze licznych oddziałów polskich, rosyjskich i pruskich, nader chętnie korzystających z przywilejów prawa wojennego, znacznie nadszarpywały kondycję wielu rodzin chłopskich.
Pomimo tych wyjątkowo niesprzyjających okoliczności, Żuławy pozostały nadal jednym z najbardziej rozwiniętych terenów Rzeczypospolitej. Bardzo szybko naprawiono powstałe uszkodzenia systemu melioracyjnego i rozpoczęto uprawę odzyskanych pól i pastwisk.
Do XVIII wieku, od wielu stuleci, cała Mierzeja była porośnięta gęstym lasem liściastym. Jednak rabunkowa gospodarka leśna Gdańska a następnie masowe wycinanie drzew przez okupujące Mierzeję wojska doprowadziły na początku XVIII wieku do odsłonięcia wydm, które zaczęły zasypywać wsie i osady. W 1768 roku opracowano metodę unieruchamiania wędrujących piasków. Rozpoczęto prace polegające na budowaniu sieci płotków, nasadzaniu wydmowych roślin i sadzeniu sosen, dobrze rosnących na jałowym gruncie. Okolice Przebrna i Krynicy Morskiej utrwalono i obsadzono lasem dopiero około 1823 roku.